抗戰時期，國民黨高級將領吳克峰感于我黨大義，投身革命陣營，并隱蔽在敵軍內部工作，成為一名光榮的“臥底將軍”。
　　吳克峰同鄉軍官姬少康，在鄉時與侍女汪寒梅戀愛并致其產下一子。姬父作主將汪寒眉強行嫁于同鄉侄輩吳克峰。吳家父母開通，愿意施恩收容，吳克峰卻深感汪寒眉與姬少康有染，政治面目模糊，左右為難。恰逢山河淪陷，吳克峰痛別故鄉，毅然踏上抗戰征途，自此不問家事。 危城陷落前夕，婆母病故，寒眉尋夫報喪，迷失陣中，獨子夭亡，幸被我新四軍營救于危難。在我黨的教育下，汪寒眉加入了革命工作，并被派入敵中統內部，成為一名優秀的我黨特工。
　　抗戰勝利后，蔣方全力進攻解放區，我黨啟動代號“密使一號”的吳克峰，命令他執行策反任務，瓦解敵軍。出于工作需要，代號“密使二號”的汪寒眉也前往軍中，專司協助吳克峰。已成為中統特務的姬少康，則被遣入部隊執行反諜使命。三個有著深刻恩怨糾葛的同鄉齊集沙場，在山雨欲來的時刻，各施身手，在復雜的感情羈絆中不忘劍拔弩張，展開了一幕幕險象環生的敵后諜報斗爭。
　　吳克峰智盜城防圖、秘毀城防設施、游說司令馬淮安……一步步成功瓦解了敵軍，策反了多數進步將士，但在姬少康和軍統特派員林雙木的步步緊逼下，也屢屢險象環生，幾番涉險于暴露邊緣。
　　出于單線聯絡的需要，汪寒眉長期不知吳克峰身份，吳克峰情知對汪寒眉所欠甚巨，卻無法當面致歉，二人在秘密工作上珠聯璧合，情感上卻恩怨交集。當終于勝利在望，傾訴衷腸之機近在眼前，卻已到生離死別之時，包括汪寒眉在內的眾多戰友以慘烈的犧牲，換來了任務的成功。吳克峰痛別戰友，只身前往南京，準備接受更艱苦的考驗。
　　抗戰勝利，全國人民期盼和平建國，蔣介石撕毀“和平協定”，下達剿匪令。中國命運大決戰拉開帷幕。中共中央為爭取國民黨西北軍起義，決定啟用“密使一號”吳克峰，并派“密使二號”汪寒眉赴西北軍協助工作。國民黨軍統局派處長嵇紹康赴西北軍清查共產黨間諜。吳、汪、嵇三人見面引起一段往事前緣。
　　10年前，淮河岸邊美麗清純的貧民女子汪秀眉迫于生計，被父母送到大戶人家嵇家當傭女，專職伺候才從日本留學歸來的嵇家大少爺嵇少康。嵇少康和她日久生情，開始了如膠似漆的熱戀。汪秀眉懷孕后，嵇少康迫于大家族的壓力違背了娶汪秀眉過門的誓言，汪秀眉被趕出嵇家。未婚先孕的汪秀眉被當成家里的恥辱，匆匆嫁給了狼嘴村的吳克峰。誰知道吳克峰得知汪秀眉未婚先育并且懷有逆子，他離家出走了。在吳家盡職盡責做好兒媳的汪秀眉生下兒子，以為可以暫且偷生，可是日本人的炮火肆虐，毀滅了整個吳家，也奪走了汪秀眉和嵇少康的兒子。大難不死的汪秀眉和吳克峰的弟弟吳克嶺相繼參加新四軍，希望能一雪國恥家恨。
　　離家出走的吳克峰考入了保定軍校，畢業后加入了馮玉祥的部隊，并且和蔣經國一起被派往莫斯科中山大學學習，光榮地加入了中國共產黨。回國后他沒有回到蘇區工作，而是帶著組織上秘密的聯系回到了馮玉祥的西北軍。而此刻的嵇少康也從軍校畢業，并且參加了軍統培訓，成為了軍統特務，后被派往六十八集團軍任情報處長。
　　參加新四軍的汪秀眉在一次受傷后也被組織秘密派去國民黨軍校學習無線電報務，并成功的打入吳克峰所在的六十八集團軍軍部做報務員。
　　吳克峰的弟弟吳克嶺改名吳輝，成為共產黨一名優秀的諜報人員。嵇少康的妹妹嵇亞琪本是一個思想進步的青年，卻因為中統特務的教唆，最后成為打入解放軍內部的棋子，利用和吳輝的親密關系傳遞大量情報給敵方。
　　臥底將軍分集劇情介紹六十八集團軍司令馬淮安的千金馬夢蘭留英歸來。瘋狂的愛上了吳克峰，吳克峰希望發展馬夢蘭并進而影響馬淮安達成策反大計，卻又無法接受馬夢蘭的愛，馬夢蘭由愛生恨投入了嵇紹康的懷抱。
　　幾個年輕人的命運，因為戰爭而糾纏在一起，前史的情感糾葛，如今的諜海沉浮，最終正義戰勝了邪惡，可是各自感情的歸宿又將何去何從?