故事發(fā)生在美麗的志摩市。因交通意外失去母親的小男孩相澤透，一天在好奇心的驅(qū)使下，在海島上找到一塊閃爍著紅光的石頭，上面還有一枚蛋。剛握在手里，從蛋里竟孵出一只小烏龜來，為了紀念母親生前對他的昵稱，小透給小烏龜起名為“透透”，并瞞著父親孝介把透透養(yǎng)在家里。
　　平常在家里不愛說話的小透，由此一天天的開朗起來，這讓孝介感到驚訝而欣慰。然而，事情并沒有這么簡單，這并不是普通的小烏龜，它不但生長速度驚人，而且還懂得制造氣流在空中飛行，青梅竹馬的鄰家女孩西尾麻衣了解到這一切，她告訴小透，透透有可能是33年前以自爆方式拯救了志摩市的怪獸加美拉。后來，透透長大到實在沒法遮掩，小透便把它搬進了海邊一個秘密小屋。
　　麻衣原來一直有心臟毛病，翌日她將要到名古屋的大醫(yī)院動手術(shù)。得知此事，小透決定要送給麻衣當(dāng)?shù)亓鱾髂軒砗眠\的緋紅色守護石，而這塊守護石，正是透透出生時那塊發(fā)出紅光的石頭窩，麻衣為此向“兩個小透”都表示感激。
　　一天，小屋里的透透突然不見蹤影，小透正要四出尋找，一頭兇惡的蜥蜴怪獸積達士出現(xiàn)，不僅在市鎮(zhèn)上大肆破壞，還掠食人類。孝介趕到現(xiàn)場，打算帶兒子和他的小伙伴脫離險境，卻不知積達士已經(jīng)在背后張開了血盆大口。千鈞一發(fā)之際，一個龐大身影閃過將積達士撞開，果然，透透就是年幼的加美拉。
　　只有成年體型四分之一的透透，經(jīng)過苦戰(zhàn)一場，終于把積達士打入大海，而自己也耗盡了力氣，被政府內(nèi)閣官員帶同巨型生物審議委員會抓走，小透卻只能眼睜睜的看著透透被軍方押送離開。不過，壞消息隨后帶來了一個好消息：麻衣的母親來電告訴小透，女兒的手術(shù)順利完成，奇怪的是，麻衣在夢中卻一直念叨著要把守護石還給透透。
　　學(xué)者雨宮本想對加美拉進行催長手術(shù)，好讓它盡快長大足以抵抗恐怖怪獸的襲擊，沒想試驗還在進行的時候，積達士再次在名古屋登陸，直接給研究所殺了個措手不及，成長不完全的透透，也只好再度迎戰(zhàn)。而此時的小透，正在趕往名古屋的路上，他明白到守護石必須回到透透身上，才能讓透透發(fā)揮出最大的力量。
　　可是小透徒步實在太慢了，麻衣也心急如焚要親自送守護石回去，卻被父母和醫(yī)生勸阻，透透面對積達士完全沒有還手之力，這下子可危險了……！