1962年，正值臺灣白色恐怖時期，當時中國國民黨領導的蔣中正政府以防止共產主義滲透等理由頒布臺灣省戒嚴令，路上舉目皆是反共標語，國民黨政府亦鼓勵人民告密檢舉匪諜，并嚴禁私自結黨。同時為了管制言論思想，中華民國政府將許多書籍列為禁書，禁書類別甚廣且認定標準不一，例如諾貝爾文學獎得主詩人泰戈爾的《飄鳥集》[注 1]即是其一。但在這樣的高壓環境下，仍有許多人在臺灣各個角落暗中舉辦讀書會，追尋自由。

臺風夜，翠華中學三年級的方芮欣在昏暗的教室醒來，在尋找張明暉老師的途中遇到了二年級的學弟魏仲廷，兩人走到校門口卻發現溪水暴漲，于是回到校園中繼續找尋張老師。但學校渺無人跡，校舍中貼滿了臺灣省政府查封的封條與臺灣喪葬的示喪紙“忌中”。他們發現事件并不單純，并逐漸想起過去所發生的悲劇。

翠華中學美術老師兼任輔導教師張明暉在校內儲藏室創辦了讀書會閱讀禁書、成員包括音樂老師殷翠涵、學生魏仲廷等人。另一方面方芮欣因為家庭失和使學業成績受到影響，殷翠涵便引介她給張明暉，希望張明暉能輔導方芮欣走出低潮，孰料在密切的心理輔導之下，方芮欣與張明暉意外產生了師生戀，張明暉并親手做了一條白鹿項鏈贈與方芮欣。

一日早晨，方芮欣的母親李妙子懷疑丈夫方道勤有外遇，卻遭到方道勤家暴，情緒失控的李妙子不斷念佛，并向菩薩許下希望方道勤消失的愿望。方芮欣到校后，先前因壓力過大而在《校史》中的歷任校長肖像上涂鴉一事，被負責管理秩序兼任校園思想控制的軍訓教官白國鋒知道，白教官希望方芮欣不要給她即將升官的父親添麻煩，并表明有任何問題可以找教官商量。朝會升旗典禮時，教師黃又新因涉及“顛覆國家”罪嫌，被中華民國憲兵當眾拘捕，引起騷動，也使白教官對校內所有老師展開調查。當晚，方芮欣與張明暉兩人在校外幽會，方芮欣在紙上畫出琴鍵，教他彈奏《雨夜花》。方芮欣返家后，發現父親遭憲兵隊逮捕，父親要方芮欣讓母親通知白教官，在他離開后，方芮欣才知道父親之所以被捕，正是因為母親的檢舉。

幾日后，殷翠涵注意到張明暉和方芮欣過從甚密，提醒他應該謹言慎行，以免讓方芮欣陷入危險，不久，張明暉就跟方芮欣提出分手，方芮欣因偷聽到殷翠涵與張明暉的對話，誤以為是殷翠涵對張明暉也有愛意，想要拆散自己跟張明暉。方芮欣一來希望白教官救回父親，二更希望“情敵”殷翠涵因閱讀禁書而遭校方解聘，便利用對自己有好感的魏仲廷，取得讀書會的證據并向白國鋒檢舉。白國鋒并未對方芮欣的要求有具體承諾，只說：“國家會感謝你的。”

臺灣警備總司令部派員到校，包括張明暉在內的所有讀書會成員皆被拘捕，有的被處決，有的死于刑求，連借儲藏室鑰匙給讀書會的工友也被虐殺。張明暉在臨刑前囑咐魏仲廷要活下去，記住這一切有多得來不易，因為自由終會來臨。之后張明暉被依叛亂罪槍決，魏仲廷聽從建議，招供以保住性命；方芮欣則因愧疚難耐，在禮堂舞臺上自縊身亡，以死向枉死孤魂謝罪。開頭中的魏仲廷和方芮欣所在的翠華中學是處于陰間地府似的空間，充滿著陰間地府的鬼物；倆人其實是以靈魂的狀態困在此空間。恢復記憶，發現事實真相的方芮欣決定拯救被陰間鬼魂抓捕的魏仲廷，讓他重返陽間以讓在陽間監獄里垂死的魏仲廷恢復生機。

多年后，魏仲廷因解嚴而赦免出獄，他克服了恐懼，到張明暉的墳上祭掃后“返校”，到即將拆除的翠華中學，將張明暉的絕筆信與定情之物白鹿項鏈，交給了方芮欣的靈魂，并向她表示他會永遠記得方芮欣。