在德川幕府時代，日本幕府統治開始走向沒落，對農民的壓迫也空前慘烈，其時又有西方宗教傳入日本，忍無可忍之下，暴發了農民起義，許多天主教農民揭竿而起反對幕府的統治，史稱“島原之亂”，轟動了整個日本，大大地沖擊了當時的當權者。
　　當時的起義在1638年暴發，以妖異少年天草四郎為首的天主教徒，聚集農民和天主教徒三萬七千余人發動了起義，攻擊德川幕府的各地政權。起義軍開始時勢如破竹，連連擊敗幕府軍隊，攻下了幾座城池，而且影響越來越大，參加進來的農民逐漸增多。德川幕府緊急調動各地諸侯的兵力十二萬鎮壓起義農民，起義軍和幕府諸侯軍隊血戰3個多月后終因寡不敵眾而失敗，起義軍領袖、年青的天主教徒天草四郎也被幕府軍隊抓獲，被判斬首示眾，他死前卻大聲疾呼：我將像天主基督一樣復活！
　　這個事件過去不久，天草四郎卻真的復活了！負責保護幕府政權的是武林世家柳生家族，他們堅守自己的職責和天草四郎展開了或大或小的戰斗。其中，武林家族柳生派的第一高手是柳生十兵衛，他的家族武術淵源甚深，對劍術尤其精湛，而天草四郎則不斷鍛煉妖異魔法，也具備常人無法企及的法力，他們兩人都感受到了對方的威脅，正邪激戰一觸即發……
　　故事中天草四郎以妖術打開地獄之門，召喚宮本武藏、荒木又右衛門、寶藏院胤舜等歷代豪杰的鬼魂從魔界復活，企圖毀滅德川政權，與知名劍豪柳生十兵衛，展開一場鬼哭神號的正邪對決。