「超能干探」描寫兩位至交好友，陳一賢(郭晉安飾)及方志強(劉錫明飾)，兩人至同道合一起考進了警察學校，后又分發到同一單位服務。
　　強生性善良沒有心機，但處事有原則，不愿隨波逐流，因此屢遭局內同僚排斥。而好友賢則恰相反，他聰明機伶，做人有手腕、心機深，起嫉妒心重，為了名利不擇手段，因此很受同事長官器重。
　　一次，強在緝捕行動中受傷，子彈貫穿心肺之間，奇跡式的存活下來，但卻從此產生了「超能力」。強連自己也不太能理解為什么能夠「以眼代手」、「移形換影」或「電磁效應」。幸有一位奇人沈節(谷峰飾)，教強控制自己的超能力。
　　強與賢在一次緝捕歹徒的行動中，驚險萬分，賢不慎受槍傷，而強則在危機中，不知不覺的使用了超能力逮捕獲歹徒，強因而升職。
　　阮雯原為賢之女友，她一心一意守在賢身旁，但賢卻因自私多次冷落阮雯，令阮雯若有所失。強自小暗戀雯，乃不時給予鼓勵；雯不受賢重視，找強傾吐，兩人愛苗漸滋生。
　　賢嫉妒強的升職，雯又向賢提出分手，并坦言愛上賢，賢因此更加憤恨。強被長官指派為誘餌，險象環生中又以超能力捕獲歹徒，此時，高人石龍(王龍威飾)出現，以高強的功力將歹徒滅口。
　　賢親眼目睹石龍的超能力，乃告知強，強一時大意，將子己擁有超能力之事坦言告之；賢乃求見沈節，沈節一眼看穿賢心術不正，勸他勿接近石龍，以免誤入魔道。
　　但賢因公事不順遂，巧遇石龍，石龍引誘他做徒弟，賢名利薰心，開始向石龍學習超能力。
　　馬鳳兒(彭家麗飾)因偶然的機會，認識了強的母親關靜紅(蘇杏璇飾)，兩人頗為投緣，紅不但將鳳兒帶回家，并要強照料鳳兒。鳳兒刁鉆活潑，初時常捉弄強，但逐漸了解強的忠厚后，漸愛上強。賢因得知鳳兒顯赫的身世，利用強結識鳳兒，賢漸對鳳兒產生情愫，但鳳兒卻對賢沒感覺，唯對強情有獨鐘。而雯雖屢遭鳳兒言語及行動騷擾，卻始終默默忍受。
　　賢與強被分為不同的二組，共同打擊犯罪。但兩組組長處事不合，導致兩組人馬處處搶功；在共同追查一樁重大刑案時，石龍因參與其中，龍要脅賢干出殺人勾當，自此，賢身陷魔道而不能自拔。
　　強之師父沈節原是大陸公安，來港為逮捕超能力高人石龍回大陸受審。強在不屈不撓的追查下，真相逐漸被解開，正當他掌握罪證據，卻被石龍攔截，龍正要向強下毒手時，幸好沈節趕到，雖打走了龍但卻身受重傷。鳳兒也為了救強而犧牲了生命。
　　賢怕自己的事跡敗露，不斷以超能力殺人，并設計陷害強，強雖知賢種鐘惡行，但顧念往惜情誼，不愿與賢決裂。
　　龍見賢事跡敗露，認為賢已無利用價值，欲殺賢，幸得強與節搭救。賢不知悔改，反而悟得更深之魔法，將石龍除去，并做惡不斷。
　　強忍無可忍，故意將雯遣至美國，并將紅送回鄉下，在無后顧之憂后，痛下決定和賢展開一場生死大對決.....。