這部拍攝于1989年版的《變蠅人2》是1986年版《變蠅人》的續集，影片承接第一集母親維尼卡懷上賽斯孩子的伏筆，當她產下一枚蠅蛹時被當場嚇死。當局的科研機關巴托工業園收養了蒼蠅之子馬丁·布朗多（艾瑞克·斯托羅茲 Eric Stoltz飾），由巴托工業的老總巴托先生（約翰·蓋茲 John Getz飾）撫養。巴托先生密切監視著馬丁的一舉一動，表面上把馬丁視如己出，實則卻把他當作研究對象，暗地里用攝像機記錄下他所有的生活過程，讓馬丁研究他父親生前的時空傳送裝置。馬丁看上去英俊帥氣，無異于常人，除了的驚人的生長速度和超人的天資才能。不久，馬丁就與美麗的貝斯·洛根（達芙妮·祖尼加 Daphne Zuniga飾）墜入愛河。可隱藏在馬丁體內的變異染色體突然蘇醒，等待馬丁的是變成下一個“蒼蠅人”的恐怖噩耗。